5．貨主在保稅倉庫所在地以外的其他口岸進口貨物，應按海關對轉口運輸貨物的規定辦理轉口手續。貨物運抵后再按上述規定辦理入庫手續。
6．保稅貨物復運出口時，貨主或其代理人要填寫出口貨物報關單一式三份并交驗進口時由海關簽印的報關單，向當地海關辦理復運出口手續，經海關核查與實貨相符后簽印，一份留存，一份發還，一份隨貨帶交出境地海關憑以放行貨物出境。
7．存放在保稅倉庫的保稅貨物要轉為國內市場銷售，貨主或其代理人必須事先向海關申報，遞交進口貨物許可證件，進口貨物報關單和海關需要的其他單證，并交納關稅和產品（增值）稅或工商統一稅后，由海關核準并簽印放行。保稅倉庫憑海關核準單證發貨，并將原進口貨物報關單注銷。
8．對用于中、外國際航行船舶的保稅油料和零配件以及用于保稅期限內免稅維修有關外國產品的保稅零配件，海關免征關稅和產品（增值）稅或工商統一稅。
9．對從事來料加工、進料加工備料保稅倉庫提取的貨物，貨主應事先將批準文件、合同等有關單證向海關辦理備案登記手續，并填寫來料加工、進料加工專用報關單和《保稅倉庫領料核準單》一式三份，一份由批準海關備存，一份由領料人留存，一份由海關簽蓋放行章后交貨主。倉庫經理人憑海關簽印的領料核準單交付有關貨物并憑以向海關辦理核銷手續。
10．海關對提取用于來料、進料加工的進口貨物，按來料加工、進料加工的規定進行管理并按實際加工出口情況確定免稅或補稅。
11．保稅倉庫所存貨物儲存期限為一年。如因特殊情況可向海關申請延期，但延長期最長不得超過一年。保稅貨物儲存期滿既不復運出口又未轉為進口的，由海關將貨物變賣，所得價款按照《中華人民共和國海關法》第21條的規定處理，即所得價款在扣除運輸、裝卸、儲存等費用和稅款后，尚有余款的，自貨物變賣之日起一年內，經收貨人申請，予以發還，逾期無人申請的，上繳國庫。
12．保稅倉庫所存貨物在儲存期間發生短少，除因不可抗力的原因外，其短少部分應當由保稅倉庫經理人負交納稅款的責任，并由海關按有關規定處理。保稅倉庫經理人如有違反海關上述規定的，要按《中華人民共和國海關法》的有關規定處理。
鑒于保稅倉庫的特殊性質，海關代表國家監督管理保稅倉庫及所存的保稅貨物，執行行政管理職能；保稅倉庫的經營者具體經營管理保稅貨物的服務工作，可以說是海關和經營者共同管理保稅倉庫。經營者要依靠海關辦好保稅倉庫，因此必須充分協作配合，保稅倉庫經營者要嚴格執行海關的法令規定，海關需要的報表應及時報送，海關要檢查的帳冊，須完整無誤，發生問題應及時向海關報告，請求處理，以利海關監管。在這個前提下，海關力求簡化手續，提供方便，共同把保稅倉庫辦好，以充分發揮保稅倉庫的優越性，為發展對外經濟貿易服務。
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