高級認證標準中內部審計制度內容條款不多，只有以下三個標準：
（10）建立并執行對進出口活動的內部審計制度。
（11）每年實施進出口活動及持續符合高級認證企業標準的內部審計，完整記錄內部審計過程和結果。
（12）建立并執行對進出口活動中已發現問題的改進機制和違法行為的責任追究機制。發現有不符合海關企業認證標準事項導致企業無法持續符合高級認證企業標準的，應當主動及時向海關報告。對海關要求的改正或者規范改進等事項，應當由法定代表人（負責人）或者負責關務的高級管理人員組織實施。
這些標準總結起來只有一句話，“高級認證企業應該每年對進出口活動及高級認證標準的執行情況進行內部審計和持續改進，確保企業持續符合高級認證標準的要求。”申請取得高級認證標準不容易，要持續符合高級認證標準就更難了。
企業要做到持續符合高級認證的要求，首先問自己一個問題，高級認證究竟對企業意味著什么？是面子工程還是真的有益于企業的經營發展。
如果認為是面子工程的，這樣的企業多半無法繼續堅持高級認證的標準。面子工程也用表面功夫來維續，平時不按標準執行，等到海關復核高級認證企業資格前，再組織人員突擊應對，更新各種標準，制作各項記錄。看起來像模像樣，其實是繡花枕頭。能否通過海關高級認證復核，是要打一個大大的問號的？
如果認為真的有益于企業的經營發展，企業就會將高級認證標準落實到經營生產活動中。高級認證標準經過多次修訂，已經基本貼合企業的生產經營。例如經營場所安全，人員安全，貨物物品安全等標準其實都是企業的基本行業標準。高級認證提供了一個契機，讓企業有意識的強化和改善這些方面的標準，對企業的經營發展是大有裨益的。
舉個最簡單的例子，實施高級認證標準前，企業保安對進出門的車輛和人員的確認一般都不到位，沒有檢查車輛，沒有確認人員登記信息。而實施高級認證標準后，企業保安要檢查進出的車輛，要確認進出人員的身份和登記信息。以前沒有人查看的出入門登記記錄，現在成了高級認證重要資料，字跡記錄也從潦草疏漏變得工整完善。
而要把標準落到實處，內部審計是最關鍵的點。內部審計并不是找碴的制度，對事不對人，能夠及時發現標準缺失，標準錯誤，未按標準工作的錯誤，就像一個鐘表時刻提醒著企業員工要按標準來開展工作。
高級認證內部審計要發揮作用，最關鍵在于企業法人代表或最高負責人要直接領導內部審計組織，直接聽取內部審計組織的報告，要求企業其他部門配合內部審計和持續改進工作，對不符合標準的部門和人員進行問責。只有這樣企業各部門和相關人員在日常業務中才會嚴格按高級認證標準工作。
總而言之，企業重視高級認證企業這塊牌子，并且利用高級認證內審制度落實各項高級認證標準，不僅可以持續符合高級認證標準，還可以改善企業的經營發展。
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