在加工貿易企業中常見的擅自處理保稅料件問題主要有擅自處理保稅不良品和殘次品，擅自處理保稅邊角料，擅自外發加工，這些都是加工貿易企業中常見的問題。在日常業務中，還隱藏著一些不容易察覺的問題點。
企業的為了保證品質，必須要不斷進行產品品質檢查和質量問題分析，在這個過程中不可避免的要使用保稅料件和成品，用于檢測或實驗之后的料件和產品，一般不能再出口銷售，成為了不良品和殘次品。使用并不是問題，如何處置才是關鍵所在。生產線上的殘次品和不良品一般會集中統一處置，但在技術或品管部門里，使用完之后的保稅料件和成品，更常見的是被零星拋棄，或散落在各個技術人員的抽屜里。經過日復一日的積累，這些未能妥善處置的保稅品，就成為了加工貿易手冊，賬冊內無法解釋的在庫誤差。
要解決上述問題，通關部門需要做好兩方面的管理，第一是要對技術和品管部門進行教育，讓他們明白海關的法規和保稅品管理的重要性，包括保稅品丟失對企業的影響。第二是要做好保稅品在公司內的交接工作，技術和品管部門從生產線或倉庫領取保稅品，一定要簽收，使用完之后無論是什么樣的狀態都要返回借用部門。生產線和倉庫將技術和品管返回的不良品和殘次品按公司相關規定集中處置。
再說一說保稅品借用，在海關法規中沒有借用的概念，也沒有相關的業務。只要是借用，無論能否及時歸還，都是違規。不能借用只能通過一日游進出口的方式或內銷的方式將保稅品銷售給其他企業使用。如果是同一集團的加工貿易企業可以向海關申請加工貿易集團監管模式，保稅料件可以在同一集團下的加工貿易企業間簡便的流動。
生產急需幾個保稅料件時，當有幾個保稅料件要送到國外檢測時，能不能使用快遞呢？這么少的量，海關不會發現，就算發現也不會扣留。對公司的在庫影響也是微乎其微。在通關管理中，有一個原則就是勿以惡小而為之。今天有一兩個保稅料件能夠不按規定報關進出口，那么明天十幾個保稅料件是不是也能夠同樣處理呢？管理的缺口一旦破開，就會發生不可預測的問題，并且增加了管理的難度。保稅品就是不能擅自處置，這是底線也是原則，不管是1萬個還是1個保稅品，都要同樣對待。
加強教育，完善體制是解決加工貿易問題的基本方法，而堅持原則是日常業務判斷的準繩，持之以恒就能做好加工貿易的管理。
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