海域使用權人的義務主要包括：(1)支付海域使用金等費用的義務。(2)按照海域功能區劃和約定使用海域的義務。(3)容忍義務，即海域使用權人對不妨礙其依法使用海域的非排他性用海活動，不得阻撓。(4)及時通知義務，即海域使用權人發現所使用的海域的自然條件發生重大變化，應當及時報告海洋行政主管部門。(5)其他義務。如海域使用權人未經批準不得從事海洋基礎測繪；海域使用權終止后，應拆除可能造成海洋環境污染或影響其他用海項目的設施和構筑物。
二、海域使用權的權利體系
海域使用權作為一種新型的重要的民事權利，其體系化的形成需要將其按照不同的標準進行區分，具體而言，主要有以下分類：
一)有償使用的海域使用權和無償使用的海域使用權
根據海域使用權的使用是否需要交付對價，可以將其分為有償使用的海域使用權和無償使用的海域使用權。為了保證海域這一自然資源的合理使用、建立其經濟補償機制、實現國有海域資源性資產的保值增值和避免對海域的過度無序利用，國家對海域實行有償使用制度，即單位和個人使用海域，應當按照國務院的規定繳納海域使用金，且海域使用金應當按照國務院的規定上繳財政。然而，海域有償使用制度并不排除在特殊情況下對海域的無償使用，國家從有利于海洋上防衛、管理和公益事業的發展全局出發，規定有些海域使用權的取得是無償的，如1.軍事用海；2.公務船舶專用碼頭用海；3.非經營性的航道、錨地等交通基礎設施用海；4、教學、科研、防災預災、海難搜救打撈等非經營性公益事業用海。
二)原始取得的海域使用權和繼受取得的海域使用權
根據海域使用權取得的方式，可以將其分為原始取得的海域使用權和繼受取得的海域使用權。前者是指使用權人直接從國家取得的海域使用權，其方式有二，即申請審批取得和因法律行為取得(如招標和拍賣)。后者是指因企業合并、分立或者與他人合資、合作經營或者依法轉讓、繼承等情形而取得海域使用權。繼受取得的海域使用權不是來源于國家，而是來自于其他民事法律主體。
三)海洋工程海域使用權、養殖海域使用權、港口海域使用權、海洋油氣勘探開采海域使用權、海底電纜管道海域使用權等
根據海域使用功能的不同可以將海域使用權分為海洋工程海域使用權、養殖海域使用權、港口海域使用權、海洋油氣勘探開采海域使用權、海底電纜管道海域使用權等情形。
此外，還可以根據海域性質的不同將其分為內水海域使用權和領海海域使用權。
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